イチョウの種子は、銀杏（ぎんなん、ぎんきょう）と言い、殻を割って調理される。種子は熱すると半透明の鮮やかな緑になり、彩りを兼ねて茶碗蒸しなどの具に使われたり、酒の肴としても人気がある。ただ、独特の苦味と若干の臭気がある。

ギンナン（イチョウ）にも栽培品種があり、大粒晩生の藤九郎、大粒中生の久寿（久治）、大粒早生の喜平、中粒早生の金兵衛、中粒中生の栄神などが主なものとして挙げられる。

ギンナンは日本全土で生産されているが、特に愛知県中島郡祖父江町（現：稲沢市）は生産量日本一である。ギンナン採取を目的としたイチョウの栽培もこの地に始まるとされるが、それは1900年前後のことと伝えられる]。上記の栽培品種も、多くはこの町の木から接ぎ木で広まったものである。

銀杏はギンコール酸などを含み、漆などのようにかぶれなどの皮膚炎を引き起こす。触れてすぐには発症せず、長期間継続して実に触れ続けた結果発症した例もある[要出典]。また、食用とする種の中身にはビタミンB6の類縁体4-O-メチルピリドキシン (4-O-methylpyridoxine、MPN) が含まれているが、これはビタミンB6に拮抗してビタミンB6欠乏となりGABAの生合成を阻害し、まれに痙攣などを引き起こす。大人の場合かなりの数を摂取しなければ問題はないが、1日5 - 6粒程度でも中毒になることがあり、特に報告数の70%程度が5歳未満の小児である。

太平洋戦争前後に中毒報告が多く、大量に摂取したために死に至った例もある。